À San Francisco, le scientifique Will Rodman (James Franco) tente de développer un remède contre la maladie d'Alzheimer dans les laboratoires de la compagnie Gen-Sys. Son propre père Charles (John Lithgow) est atteint par la maladie. Son équipe inocule un rétrovirus, l'ALZ-112, à des cobayes chimpanzés capturés en Afrique, qui voient rapidement leurs facultés cognitives augmenter. Lors de la présentation de ce produit novateur, le principal sujet des tests, une femelle chimpanzé nommée « Beaux Yeux » (en raison de ses yeux verts suite à l'administration du rétrovirus), s'évade et sème la panique. Elle est finalement abattue dans la salle de réunion, sous les yeux horrifiés du conseil. Le directeur Steven Jacobs (David Oyelowo) ordonne à Franklin (Tyler Labine), le collègue de Will, d'euthanasier les douze autres primates, pensant que le rétrovirus est la cause de son comportement. Will et Franklin découvrent toutefois que « Beaux Yeux » avait mis bas dans sa propre cage, ce qui veut dire qu'elle était enceinte lorsqu'elle a été capturée, et qu'elle cherchait simplement à protéger son petit. À l'insu de Jacobs, Will recueille le bébé dans son propre foyer.
En Californie, la faille de San Andreas finit par s'ouvrir et provoque un séisme de magnitude 9,6, le plus grand séisme de toute l'histoire. Ray Gaines (Dwayne Johnson), pilote d'hélicoptère de secours en montagne, et son ex-femme Emma (Carla Gugino) quittent Los Angeles pour San Francisco dans l'espoir de retrouver et sauver leur fille désormais unique, Blake (sa sœur Mallory est morte noyée quelques années auparavant). Alors qu'ils s'engagent dans ce dangereux périple chaotique vers le nord de l'État, pensant que le pire est à présent derrière eux, ils ne tardent pas à comprendre que la réalité est bien plus effroyable encore.
À une époque où les monstres parcourent la Terre, et alors que l’humanité lutte pour son avenir, Godzilla et King Kong, les deux forces les plus puissantes de la nature, entrent en collision dans une bataille spectaculaire inédite. Alors que Monarch se lance dans une mission périlleuse en terrain inconnu, et qu’il découvre des indices sur les origines des Titans, un complot humain menace d’éradiquer ces créatures – qu’elles soient bonnes ou mauvaises – de la surface de la planète.
Thomas A. Anderson (Keanu Reeves), un jeune informaticien connu dans le monde du hacking sous le pseudonyme de Neo, est contacté via son ordinateur par ce qu’il pense être un groupe de hackers. Ils lui font découvrir que le monde dans lequel il vit n’est qu’un monde virtuel dans lequel les êtres humains sont gardés inconsciemment sous contrôle.
Deux jeunes pilotes zélés et doués, Rafe McCawley (Ben Affleck) et Daniel 'Danny' Walker (Josh Hartnett), sont amis depuis leur plus tendre enfance. Ils décident tous deux d'entrer dans l'USAAF. Rafe tombe amoureux d'Evelyn, une jeune infirmière, lors de son test pour entrer dans l'aviation. Mais leur idylle sera de courte durée car Rafe veut combattre. Evelyn et Danny eux se font muter à Hawaï alors que Rafe, lui, rejoint l'Angleterre pour combattre la Luftwaffe du Troisième Reich d'Hitler, au côté des Anglais dans les Eagle Squadrons, avec l'accord de son supérieur le Lieutenant-Colonel Doolittle. Quelques mois et des lettres plus tard, au cours d'une mission, l'avion de Rafe est abattu et ce dernier est porté disparu. Danny va apprendre la triste nouvelle à Evelyn. Effondrés, Evelyn et Danny partagent leur chagrin et un amour naît de leurs confidences. Evelyn tombe alors enceinte de Danny. Le jour où Evelyn apprend cette nouvelle, Rafe revient. Il a survécu à son crash et a été repêché par un navire de pêche français ; il est heureux de revoir Evelyn mais la situation a changé et Rafe comprend qu'il a été supplanté par Danny. Ils se bagarrent dans un bar et après quelques coups de poings, ils fuient pour échapper à la police militaire. Danny lui explique la situation mais leur amitié est fortement remise en question. Pendant ce temps, les Japonais lancent une attaque surprise sur le port. Au petit matin du dimanche 7 décembre 1941, alors que les soldats dorment encore, les appareils japonais survolent Hawaii et lancent leurs torpilles et leurs chasseurs sur les navires en rade.
En 2029, John Connor, chef de la résistance humaine, mène la guerre contre les machines dans un monde ravagé à la suite d'une offensive nucléaire lancée par un programme de défense militaire, Skynet, le 29 août 1997. En pleine offensive de Los Angeles, John a des craintes quant à l'avenir, quand des espions TECOM révèlent un nouveau plan de Skynet : il prévoit de l'attaquer sur deux fronts, le passé et l'avenir, afin de changer définitivement l'issue du conflit.
John Connor, jeune adulte, n'est pas convaincu d'être débarrassé de la menace de Skynet et ne veut pas de son destin. Alors, il fuit continuellement, vivant de petits boulots, et sans aucun moyen pour le localiser (ni maison, ni téléphone, ni carte de crédit). Le Jugement Dernier ne s'est pas déroulé à la date prévue.
C'est une guerre sans issue qui attend les derniers survivants humains retranchés de Sion, cité-État de la résistance, maintenue par l'armée des Machines.
Pour combattre les kaiju, des créatures extraterrestres sorties d'une brèche interdimensionnelle près de la faille géologique au fond de l'océan Pacifique en août 2013, un nouveau genre d’arme a été conçu : des robots géants, appelés les Jaeger (« chasseurs » en allemand), contrôlés en simultané par deux pilotes dont les esprits sont reliés par un pont neuronal.
Scrat va dans l'espace et provoque la collision entre deux planètes, ce qui crée un astéroïde filant droit vers la Terre. Manny, Sid, Diego et le reste de la bande vont devoir fuir leur chez-soi. Buck, la belette de L'Âge de glace 3, est de retour. Nos héros vont voyager vers des terres exotiques et rencontreront une ribambelle de personnages hauts en couleurs, tels que le spirituel Shangri Lama.
La famille Hess, établie à Doylestown, dans le comté de Bucks en Pennsylvanie, traverse une bien sombre période. Après la mort de sa femme dans un accident de la route, le père, Graham Hess, a perdu la foi et rendu sa charge de pasteur. Tout en s'occupant de sa ferme, il tente d'élever de son mieux ses deux enfants, Morgan et Bo, aidé de son jeune frère Merrill, une ancienne gloire du baseball.
Ce film fait suite au premier.
Depuis 20 ans les nations du monde ont travaillé ensemble sur un important programme de défense colossal fondé sur la technologie extraterrestre récupérée lors de la première invasion sous la supervision de David Levinson qui est désormais le directeur de la défense spatiale. Les forces armées de la Terre comptent maintenant des chasseurs équipés de canons lasers, des satellites de défense et des bases de défenses sur la Lune et sur Rhéa équipées des mêmes super lasers utilisés par les extraterrestres pour détruire les villes dans le premier opus.
L'agence crypto-zoologique Monarch déploie de nombreux moyens pour combattre des créatures de tailles divines, appelées Titans. Ces derniers réapparaissent petit à petit des entrailles de la terre. La paléobiologiste Emma Russell, travaillant pour Monarch, a été traumatisée par la mort de son fils Andrew en 2014. Elle a mis au point l'Orca, jadis imaginé avec son ex-mari Mark, une machine qui permet de capter et reproduire les signaux émis par les Titans. Son invention attire des convoitises. Emma entraine avec elle sa fille Madison. Son père, Mark va tout faire pour retrouver sa fille, tout en tentant de survivre dans un monde envahi de monstres. Godzilla va ainsi devoir compter sur une alliée, le papillon géant Mothra pour affronter les 2 menaces que représentent le ptérosaure super-rapide Rodan, ainsi que son pire ennemi, le dragon à trois têtes King Ghidorah, qui est l'Alpha des Titans. Ces anciennes super-espèces veulent toutes la suprématie et mettent en danger la survie de l'humanité. Alors qu'un combat apocalyptique se prépare, Godzilla, seul prétendant au titre capable de rivaliser avec l'Alpha, aidé des humains, devra s'imposer et ainsi affirmer sa place en tant que roi des monstres.
Le jour de son mariage, la jeune Susan Murphy reçoit sur la tête une météorite qui la transforme en une géante de plus de vingt mètres. L'armée entre promptement en action, la neutralise et l'incarcère dans une prison secrète. Rebaptisée Génormica, Susan fait connaissance avec ses compagnons d'infortune : le brillant docteur Cafard, un scientifique fou à la tête de cafard, l'hybride macho de singe et à tête de poisson appelé Le Maillon Manquant, l'indestructible et gélatineux BOB et le gigantesque Insectosaure.
Années 1960. Une série d'essais nucléaires français, aux alentours de l'archipel des Tuamotu, entraine la mutation d'un lézard. Trente ans plus tard, la créature monstrueuse attaque un cargo japonais croisant dans le Pacifique Sud. Le seul rescapé est transporté à Papeete, où il est interrogé par des agents de la DGSE. Il murmure le nom de « Gojira », d'après une ancienne légende japonaise. Au même moment, Nick Tatopoulos, un jeune scientifique américain travaillant pour la Commission de réglementation nucléaire des États-Unis, est prié d'abandonner ses recherches à Tchernobyl pour se rendre avec un groupe de militaires à Panama. Il découvre les gigantesque empreintes du monstre, qui a traversé le golfe et piétiné un village pour se rendre dans l'océan Atlantique.