Lors d'un débat télévisé sur la guerre d'Algérie au début des années 1980, le professeur Paulet (Jean Vigny) dénonce les méthodes du capitaine Caron (Jacques Perrin), tué au combat en 1957. La veuve du capitaine, Patricia (Nicole Garcia), décide d'intenter un procès en diffamation à Paulet. Elle est représentée par son oncle bâtonnier (Georges Wilson) et par une amie, la jeune avocate Maître Valouin (Claude Jade) de Quimper ; Paulet, lui, est défendu par Maître Gillard (Charles Denner).
L'histoire se déroule en 1899, en Afrique de l'ouest : les officiers français Voulet et Chanoine mènent une mission d'exploration à la tête d'une colonne de troupes coloniales. Outrepassant leurs ordres, ils se livrent à des massacres de populations. La sarraounia (« reine ») du village de Lougou décide de leur résister...
Clément et Anne forment un couple élégant et aisé. Sujet à la jalousie, Clément fréquente Serge, chef d'un groupuscule d'extrême droite (pouvant faire penser à une cellule de l’OAS).
Michel Jussieu, un producteur de cinéma, revient un matin dans le cabaret où il a oublié son chandail. Il est le témoin involontaire du meurtre d’un journaliste d’extrême droite. Il reconnaît Eléonore et Patrice, membres d'une organisation politique secrète, connus depuis les années de Résistance. Il est assommé et se réveille en présence du commissaire Malferrer, chargé de l’enquête. Innocent, Michel nie son implication dans ce meurtre mais ne peut se résoudre à dénoncer les vrais coupables. Car Michel est hanté par le souvenir d'un autre interrogatoire 20 ans plus tôt, où, devant la Gestapo, il a craqué. Devra-t-il garder le silence ou bien se livrer à une nouvelle dénonciation ?
En 1962, afin d'empêcher le général de Gaulle de céder aux revendications du FLN et de laisser l'Algerie devenir indépendante, les membres de l'OAS décident de faire évader le Général Challe, emprisonné à Tulle. Le commandant Dominique Clavet (Jean Rochefort), succédant à son chef Cyrus qui a été arrêté, organise avec ses hommes un hold-up pour financer l'évasion. Dans le même temps, aidé par des « barbouzes », le commissaire divisionnaire Lelong (Michel Bouquet), loyal au gouvernement mais désabusé, enquête sur cette conjuration, ayant parfois des doutes devant la complexité de la situation.
Roger, instituteur breton, part enseigner en Tunisie, puis dans l'Algérie en guerre : il prend parti, tandis que son amie d'enfance Gwen, animatrice de radio, choisit la voie de la neutralité.
Le film se déroule en juillet 1961, durant la Guerre d'Algérie (Jacques Davila est natif d'Oran). Pierre, un jeune homme qui fait ses études à Paris, vient passer ses vacances en Algérie, chez sa mère Hélène (Micheline Presle). Celle-ci vit à la campagne avec son ami Jean. À l'occasion d'une fête, Pierre revoit sa petite amie (en passe de le quitter) et une partie des personnes de son passé. À rien de tout cela il ne semble vraiment attaché.
À quelques jours de la fin de la guerre d'Indochine, un commando de treize parachutistes, avec à sa tête le lieutenant Brissac, est largué sur le village vietnamien de Quinh Quang où une infirmière — Catherine Fournier — est retenue prisonnière. Ils la délivrent et font retraite vers leur base — à vingt jours de marche de là — après avoir détruit le village et tué ses habitants. La nuit suivante, un des paras est abattu.
Entre 1954 et 1962, pres de 3 millions de jeunes Francais, appeles ou rappeles, ont fait une guerre qui ne voulait pas dire son nom. Trente ans apres, ceux qui n'ont jamais parle racontent.
Le film retrace quelques jours de la vie du sous-lieutenant Roque, pendant la Guerre d'Algérie. Il a sous ses ordres 400 soldats français dont quatre jeunes musulmans qui se sont engagés et qui sont très utiles au reste du poste (qui se situe dans le Sud-Est algérien) en ce qui concerne les traductions de l'arabe au français.
En 1993, à Paris, le colonel en retraite Raoul Duplan est trouvé mort chez lui, une balle dans la poitrine. Une lettre anonyme est envoyée aux enquêteurs : « Le colonel est mort à Saint-Arnaud ». En 1957, à Saint-Arnaud, dans l'est de l'Algérie, un jeune officier juriste, Guy Rossi, prend ses fonctions auprès du colonel Duplan. La machine des pouvoirs spéciaux et de la torture institutionnalisée se met en route. Elle fera du jeune juriste un bourreau et elle rattrapera Duplan quarante ans plus tard.
À Alger, durant la guerre d'Algérie un des responsables du FLN est arrêté par l'armée qui emploie les méthodes les plus violentes pour faire parler les prisonniers. Le recours à la torture pose un cas de conscience à un officier français. Jouant sur le champ-contre-champ, entre le torturé et son tortionnaire, dans un huis clos étouffant.