En 1999 à Buenos Aires, un agent à la retraite du ministère fédéral de la justice, Benjamín Espósito, essaie d'écrire l'histoire d'une affaire criminelle qu'il a traitée 25 ans plus tôt et qui le hante toujours : le viol et le meurtre en juin 1974 d'une jeune femme mariée, Liliana Colotto.
Huis clos dans une cellule dans le contexte d'une dictature en Argentine. Deux hommes que tout oppose s'affrontent avec méfiance. Valentin, un révolutionnaire issu des classes bourgeoises, barbu et à l’apparence macho, a été incarcéré et torturé pour ses convictions politiques. Molina, un étalagiste homosexuel exubérant, est né dans les bas quartiers et a été arrêté pour détournement de mineurs. Molina évoque chaque soir de vieux films romantiques à son compagnon d'infortune. Une amitié improbable se tisse alors progressivement entre les deux hommes.
Charles « Charlie » Horman et son épouse Beth vivent au Chili, en parfaite harmonie avec les habitants d'un quartier populaire de Santiago. Ils sont en froid avec Ed, le père de Charles, qui désapprouvait leur liaison.
Un américain, abandonné par son amie, part pour l'État fictif de San Marcos, en proie à la guerre civile. Il en deviendra président, puis retrouvera l'Amérique et son amie, toujours sous les caméras de télévision.
Jack Noah, un petit acteur, travaille sur un tournage dans le pays latino-américain de Parador au moment où le pays est secoué par la mort de son dictateur d'une crise cardiaque. Le bras droit du défunt fait une offre que Jack ne peut refuser, en lui demandant de prendre la place du terrible dictateur.
À la suite de la révolution cubaine, Che Guevara est en pleine gloire. En 1964, il se rend à New York pour s'adresser de manière enflammée aux Nations unies, pour affirmer son combat pour le tiers-monde face à la toute-puissance américaine. Il devient ainsi une figure célèbre de la scène internationale. Mais il disparait soudainement. Personne ne sait où il se trouve. De nombreuses rumeurs de sa mort circulent. Mais il réapparait méconnaissable en Bolivie, où il prépare secrètement la Révolution latino-américaine avec ses camarades cubains et quelques Boliviens. Cette campagne montre toute sa détermination et son abnégation. Elle explique en partie le symbole et le héros populaire qu'est resté au fil du temps le « Che ». L'échec de cette révolution marquera sa mort.
À la fin du XX siècle, dans un pays d'Amérique du Sud qui vit encore le traumatisme d'une dictature récente, le président de la jeune démocratie a décidé de mettre en place une commission d'enquête sur les crimes passés. Cette commission doit être présidée par un avocat célèbre : Gerardo Escobar. Le soir de cette nomination, cet homme crève un pneu en rentrant chez lui. Un voisin, le docteur Roberto Miranda, vient à son secours et le ramène chez lui, où sa femme l'attend. Celle-ci, Paulina Escobar, torturée par la police secrète de l'ancien régime croit reconnaître dans la voix de Roberto Miranda celle d'un de ses bourreaux.
À Montevideo, les rebelles d'extrême gauche du Mouvement de libération nationale (Tupamaros) enlèvent Philippe Michael Santore, officiellement fonctionnaire de l'Agence pour le développement international (AID). Alors qu'il se décrit comme un conseiller technique, expert en communication et gestion de la circulation, ses geôliers lui exposent les preuves qu'ils ont recueillies et qui démontrent qu'il agit au nom du gouvernement des États-Unis en tant que conseiller pour la répression et la torture auprès des forces de sécurité de l'Uruguay. L'incapacité de la police et de l'armée à le retrouver menace alors de dégénérer en crise politique.
En Amérique du Sud, Clara est une petite fille extraordinaire, elle est capable de prédire l'avenir. Le jour du décès de sa sœur aînée, Rosa, elle est persuadée d'être coupable de sa mort et décide de se taire à jamais. C'est à l'âge adulte qu'elle reprend goût à la vie aux côtés d'Esteban, le riche propriétaire de l'hacienda nommée Tres Marías. Elle l'épouse et lui donne une petite fille, Blanca. La vie est belle à Tres Marías, mais la révolte gronde parmi les ouvriers. Blanca n'est pas insensible au charme du meneur, Pedro.
Au Nicaragua en 1979, le journaliste-photographe Russell Price couvre la guerre civile opposant les sandinistes au président Anastasio Somoza. Ses amis, le chef d'antenne Alex Grazier et la journaliste de la radio Claire, l'accompagnent. Au moment où ils arrivent, les sandinistes frappent même jusque dans la capitale, Managua. Au fil des jours, Russell en vient à se poser des questions sur la façon de couvrir cette guerre, lorsqu'il prend conscience de la brutalité de l'armée somoziste vis-à-vis de la population. Lui et Claire sont bientôt approchés par les sandinistes afin de photographier Rafael, leur leader, dont le gouvernement nicaraguayen vient d'annoncer la mort. Rafael est en réalité bel et bien mort, mais les guérilleros veulent démontrer, par une photographie, qu'il est toujours vivant afin de finir la guerre à leur avantage. Après quelques hésitations, Russell accepte et, le lendemain, la photo du chef sandiniste est diffusée dans tout le pays, ce qui déstabilise quelque peu le gouvernement Somoza. Le régime commence à se poser des questions sur la neutralité de la presse. Alex Grazier est bientôt arrêté puis abattu par la Guardia. Russell Price, qui a réussi à photographier l'assassinat, parvient à rendre publiques les photos et le gouvernement américain abandonne toute aide au régime somoziste. Les sandinistes entrent en vainqueurs à Managua et le dictateur fuit le pays.
The film begins in October 1945 in Garanhuns, a municipality in the countryside of Pernambuco, when Luiz Inácio da Silva, nicknamed Lula, is born as the seventh child of Dona Lindu and Aristides. Two weeks after his birth, Aristides moves to Santos, a coastal city in São Paulo, with Dona Mocinha, a cousin of Dona Lindu. Lindu raises Lula's siblings alone until December 1952, when the family moves to Santos to meet the patriarch. Upon their arrival, Dona Lindu discovers that Aristides had formed a second family with Dona Mocinha.
Colonia raconte l’histoire de Lena, une hôtesse de l’air pour Lufthansa et de son petit ami Daniel, étudiant allemand, ils se retrouvent entraînés dans le coup d'État du 11 septembre 1973 au Chili. Les masses sont dans les rues pour protester contre le général Pinochet, les partisans du président déchu Salvador Allende sont alors raflés par l’armée sous les ordres du général. Le jeune couple est arrêté et emmené au stade national comme des milliers de manifestants. Les gens y sont fusillés sur place, d’autres sont enlevés. Lena est témoin de l’enlèvement de Daniel par une camionnette. Elle découvre qu’il est retenu prisonnier par la police secrète de Pinochet dans une zone bouclée, située dans le Sud, appelée Colonia Dignidad (qui se présente comme une mission caritative) dirigée par le prédicateur Paul Schäfer, un endroit d’où personne ne s’échappe. Lena décide de rejoindre ce camp afin de retrouver Daniel.