Tony Stark, playboy, milliardaire, n'est pas seulement l'héritier des usines d'armement de son père (la Stark Industries), c'est également un inventeur de génie. Alors qu'il est en déplacement en Afghanistan afin de présenter sa dernière création, le missile Jéricho, il est enlevé par des terroristes de l'organisation « Les Dix Anneaux ». Gravement blessé lors de l'attaque, il ne survit que grâce à l'aide d'un scientifique, le professeur Yinsen, qui lui greffe à la poitrine un électro-aimant alimenté par une batterie de voiture afin d’empêcher des éclats d’obus d’atteindre son cœur.
Larry Daley, nouveau gardien du musée d'histoire naturelle de New York, découvre que tous les squelettes, animaux empaillés et statues de cire s'animent durant la nuit : Attila, Sacagawea, Theodore Roosevelt, Christophe Colomb, Lewis et Clark, les cow-boys, les soldats romains (dont le général Caius Octavius), les soldats de la guerre de Sécession, les Mayas, les hommes de Néandertal, un tyrannosaure, des singes capucins et une statue de l'île de Pâques. Il y a aussi le pharaon imaginaire Ahkmenrah, dont la tablette fait s'animer les personnages la nuit.
Alors qu'elle se trouve en mission en orbite terrestre, la navette Atlantis est détruite par une pluie de météorites qui termine sa course sur New York. Ceci est le prélude d'une catastrophe majeure : un astéroïde de la taille du Texas s'écrasera sur Terre dans exactement dix-huit jours. Dan Truman, directeur des opérations de vol à la NASA, envisage la mission de la dernière chance : envoyer des astronautes sur l'astéroïde pour qu'ils y creusent un puits dans lequel sera insérée une charge nucléaire. Pour ce faire, il fait appel à Harry Stamper, le plus grand spécialiste en forage pétrolier. Mais ce dernier, ainsi que ses hommes, n'ont aucune notion d’astronautique, et devront bénéficier d'une formation accélérée.
Le paléoclimatologue Jack Hall (Dennis Quaid) et ses deux collègues effectuent une mission scientifique de routine en Antarctique : le forage de carottes de glace. Cependant, le plateau de glace se détache soudain du reste du continent.
Chris Kyle est un champion de rodéo vivant au Texas. Durant son enfance, il est élevé avec son frère cadet dans la foi chrétienne. Leur père leur inculque qu'il n'y a dans la vie que des loups qui menacent les faibles, les moutons qui sont paisibles, et les bergers qui protègent les moutons contre les loups ; il veut que ses enfants soient des bergers. Il leur apprend alors le maniement des armes et à chasser.
L'histoire se déroule en Écosse médiévale. La princesse Mérida du royaume de Dunbroch se voit offrir, pour son sixième anniversaire, un arc et des flèches par son père, le roi Fergus, au grand désespoir de sa mère, la reine Elinor. Alors qu'elle s'aventure dans les bois pour retrouver une flèche perdue, Mérida rencontre un feu follet. Peu après, Mor'du, un énorme ours démoniaque, attaque la famille. Elinor et Mérida s'enfuient à dos de cheval, alors que Fergus et ses hommes combattent Mor'du, combat lors duquel le roi perdra une jambe.
L'ancien employé de l'ONU Gerry Lane, sa femme Karin et leurs deux filles sont dans la circulation dense de Philadelphie lorsque la ville est envahie par des zombies. Alors que le chaos s'étend, les Lanes s'échappent vers Newark, dans le New Jersey et se réfugient dans un appartement, où vit un couple avec son jeune fils, Tommy. Le Secrétaire général adjoint de l'ONU, Thierry Umutoni, un vieil ami de Gerry, envoie un hélicoptère qui extrait les Lanes et Tommy vers un navire de la marine américaine dans l'Atlantique, où des scientifiques et du personnel militaire analysent l'évolution de l'épidémie dans le monde. Le Dr Andrew Fassbach postule qu'il s'agit d'un virus et que le développement d'un vaccin dépend de la découverte de son origine. Gerry accepte à contrecœur d'aider Fassbach à retrouver la source de l'épidémie, après qu'on lui ait fait comprendre que lui et sa famille seront évacués du navire s'il ne le fait pas.
Le physicien nucléaire Joseph Brody enquête sur de mystérieux phénomènes qui ont lieu au Japon, quinze ans après un incident qui a irradié la région de Tokyo et déchiré sa propre famille. Refusant de s’en tenir à la version officielle qui évoque un tremblement de terre, le scientifique revient sur les lieux du drame accompagné par son fils Ford, soldat dans la Navy. Ils découvrent que les incidents ne sont pas liés à une catastrophe naturelle, mais à des monstres réveillés par des essais nucléaires dans le Pacifique au lendemain de la Seconde Guerre mondiale. Ces créatures sont surveillées par une organisation nommée Monarch, mais elles menacent bientôt la sécurité de l'archipel d'Hawaï et la côte ouest des États-Unis. Au même moment, la compagne de Ford, infirmière et jeune maman, gère les blessés dans un hôpital de San Francisco.
Au début du XXII siècle, la compagnie Buy-N-Large monopolise l'économie de la Terre par un trust concernant les biens et les services. Il est devenu un gouvernement mondial globalisé. La surconsommation effrénée a tôt fait de transformer le monde en un dépotoir gigantesque. La société commandite un exode massif à bord de vaisseaux spatiaux dans une tentative de préserver l'Humanité. Des milliers de machines robotiques dénommées WALL-E (Waste Allocation Load Lifter-Earthclass) ont été fabriquées par la compagnie. Ces engins ont pour unique tache de « nettoyer » la Terre en compactant la myriade de détritus qui parsèment le sol, durant les cinq années que doit durer l'exode. Mais beaucoup d'entre eux se désactivent inexplicablement et sont hors-services, forçant les humains qui n'ont pas d'autres plans de replis à rester dans l'espace.
Au lendemain de l'holocauste nucléaire du 29 août 1997, les survivants humains entrent en résistance contre la dictature des « machines » (des robots intelligents), ce qui les mène à la victoire en 2029.
Vers l'an 1250 av. J.-C., Agamemnon, roi ambitieux de Mycènes, tente de fédérer la Grèce, en utilisant notamment la force d'Achille malgré son aversion envers ce dernier, imprévisible et indépendant. Son frère Ménélas, roi de Sparte, fait la paix avec Troie dont les deux princes, Hector et Pâris, fils du Roi Priam sont ses invités. Mais Pâris a une aventure avec Hélène de Sparte, la femme de Ménélas, qui décide de partir avec lui. Furieux, Ménélas demande aide à son frère Agamemnon qui y voit son intérêt : prendre la ville de Troie et contrôler ainsi toute la mer Egée. Les deux rois persuadent tous les dirigeants grecs de les suivre, notamment Ulysse, le seul à pouvoir convaincre Achille de rejoindre cette guerre. Le guerrier sait par sa mère qu'il mourra à Troie mais que sa gloire sera éternelle.
Deux ans après avoir affronté les humains et Koba, César et les singes vivent reculés dans une forêt. Leur avant-poste est alors attaqué par une unité militaire pratiquement annihilée dans l'assaut et qui subit une défaite totale, rapportée par radio à leur commandant le colonel McCullough. Selon les dires d'un survivant fait prisonnier et présenté à César, cet homme sanguinaire cherche à tout prix à retrouver César pour installer la domination des hommes sur les primates : bien que ça ne fasse pas l'unanimité, César choisit d'épargner les soldats survivants et de les lui renvoyer avec un message de laisser tomber afin de clarifier les circonstances ayant amené cette situation et prévenir une montée vaine des conflits. Plus tard alors qu'ils s'occupent de leurs morts et blessés, César vient accueillir son fils aîné Yeux-Bleus et Rocket, qui reviennent d'une expédition prolongée et ont apparemment enfin trouvé la terre promise des singes, à des mois de marche de là. Le soir même, après des discussions houleuses sur la suite des événements et la crainte exprimée par Winter, un gorille albinos, la décision est prise de s'y rendre. Mais après l'échec de ses soldats, le colonel McCullough se déplace en personne avec un commando dans le refuge de César afin de le tuer. Il tue le fils aîné de César par méprise ainsi que sa compagne, Cornelia, épargnant sans le savoir leur enfant cadet, Cornelius qui s'était caché. César qui arrive juste avant son départ et constate leur mort, tente de se venger pour son acte mais échoue de peu. Tandis que la colonie a débuté son trajet vers leur futur foyer, César confie alors Cornelius à Lake, la compagne de feu son fils aîné, puis quitte les siens à leur grande surprise pour se lancer seul à la poursuite de McCullough, assoiffé de vengeance. Il est toutefois vite rattrapé et épaulé par ses plus proches amis l’orang-outan Maurice, le chimpanzé Rocket (dont le fils Ash, meilleur ami de Yeux-Bleus, fut également tué, par Koba en son temps) et le gorille Luca.
Alors que le pape est mort et que les cardinaux vont entrer en conclave, les Illuminati, une ancienne et puissante société secrète traquée par l'Église catholique, dérobent de l'antimatière au CERN, à Genève, et placent cette bombe à retardement au Vatican. De plus, ils enlèvent les preferiti, c'est-à-dire les cardinaux les plus papables, et envoient une vidéo à la garde suisse expliquant qu'ils comptent en tuer un toutes les heures avant que la bombe explose.
Blu est un véritable oiseau rare. C'est le dernier mâle de son espèce avec une petite particularité : il ne sait pas voler ! Dans le confort de sa petite vie bien rangée avec Linda, sa propriétaire, cela n'a jamais posé le moindre souci. Mais lorsqu'il est obligé de quitter ses habitudes et le froid du Minnesota pour s'aventurer au cœur des merveilles exotiques de Rio, il doit s'attendre à perdre quelques plumes ! Il est envoyé à Rio de Janeiro au Brésil pour faire la rencontre de Perla, la dernière femelle de son espèce, qui elle, aspire à une seule chose : vivre libre en virevoltant dans la jungle luxuriante.
Au matin du 6 juin 1944, premier jour de la bataille de Normandie, lors du débarquement allié en Normandie : sur la plage d’Omaha Beach où débarquent les Américains, dans le secteur « Dog Green », le capitaine John H. Miller qui commande une compagnie de Rangers, tente de sortir de la plage avec ses hommes. Après de durs combats, ils parviennent à créer une brèche dans les fortifications ennemies et nettoient les positions défensives de l'armée allemande.