En 2029, une guerre oppose ce qui reste de l'humanité — décimée par un holocauste nucléaire — aux machines dirigées par Skynet, un système informatique doté d'intelligence artificielle qui a pour objectif la suprématie des Machines sur les hommes. La résistance humaine, menée par John Connor, étant sur le point de triompher en 2029, Skynet envoie dans le passé en 1984 un Terminator, un assassin cybernétique à l'apparence humaine afin de tuer la mère de John, Sarah Connor et ainsi empêcher la naissance de John, « effaçant » de manière rétroactive son existence et ses actes futurs. En réaction, John envoie à la même époque Kyle Reese, un résistant humain, afin de protéger sa mère.
Trois pilotes d'essai d'avions de combat (les meilleurs) volant sur F/A-37 Talon, des jets ultra-modernes à propulsion à détonation pulsée, sont promus sur un porte-avions de l'US Navy pour tester un nouvel équipier. Ce nouveau partenaire s'avère être un drone : le E.D.I. Il est doté d'une intelligence artificielle basée sur un ordinateur quantique. Lors d'une mission de bombardement, il est touché par la foudre et échappe à leur contrôle. Il devient alors très dangereux.
Le matin du 11 septembre 2001, des passagers embarquent à bord du vol 93 United Airlines à l'aéroport international de Newark-Liberty, dont Tom Burnett, Todd Beamer, Jeremy Glick, Mark Bingham, Lauren Grandcolas, Donald Greene, Nicole Miller, Deora Bodley, and Honor Elizabeth Wainio. Quatre terroristes d'al-Qaïda (Ziad Jarrah, Saeed al-Ghamdi, Ahmed al-Nami, et Ahmed al-Haznawi) montent également à bord de cet avion.
Pete Sandich, pompier de l'air décédé dans un accident d'avion, continue, au-delà de la mort, à suivre l'apprentissage d'une jeune recrue, Ted, tout en restant proche de son ancienne fiancée que le deuil empêche de céder aux attentions et aux avances de Ted.
Mitchell Gant, un pilote de chasse de l'US Air Force à la retraite, est sollicité par la CIA pour exécuter une mission périlleuse : s'introduire en Union soviétique afin de dérober un prototype ultra secret d'avion de chasse, réputé furtif et dont l'armement peut être commandé par la pensée, le Firefox.
Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Vol de l'Osiris
2 - La Seconde Renaissance, partie 1
3 - La Seconde Renaissance, partie 2
4 - L'Histoire de Kid
5 - Programme
6 - Record du monde
7 - Au-delà
8 - Une histoire de détective
9 - Matricule
Après les attentats du 11 septembre 2001, une équipe composée d'agents de la CIA et des forces spéciales américaines, menées par le capitaine Mitch Nelson, est envoyée en Afghanistan. Ils collaborent avec le général afghan Abdul Rachid Dostom pour tenter de démanteler les talibans.
Le 8 décembre 1941, James Graham, jeune Britannique, se trouve à Shanghai, en territoire occupé par l'armée impériale japonaise, avec sa famille, le jour où l'Empire du Japon, ayant envahi la Chine depuis 1937, déclare la guerre aux États-Unis ainsi qu'à ses alliés.
À Hawaï, le jeune Sean Jones a assisté au meurtre d'un homme, assassiné par le gangster Edward Kim. Poursuivi par les hommes de Kim, Sean est placé sous la protection de l'agent Neville Flynn du FBI. Il doit retourner sur le continent américain pour témoigner contre Kim, et ils prennent l'avion en première classe. Mais Kim, voulant se débarrasser de Jones, fait embarquer dans la soute à bagages une caisse remplie de serpents venimeux dont la rage sera stimulée par les phéromones contenues dans les colliers de fleurs hawaiiens distribués aux passagers. Après l'ouverture programmée de la caisse en plein vol, les serpents vont semer la mort et la terreur dans l'avion survolant l'océan…
L'histoire se déroule dans une uchronie située en 1939. Polly Perkins, journaliste au Chronicle, cherche à élucider la disparition de plusieurs scientifiques de renom. La piste semble aboutir à un certain docteur Totenkopf (« tête de mort » en allemand).
Lisa Reisert, une jeune femme, s'apprête à prendre l'avion. Avant, elle prend un verre avec Jackson Rippner, un beau jeune homme charmant. Une fois dans l'avion, elle se retrouve avec Jackson à côté d'elle. Mais sous la personnalité charmante du jeune homme se cache un terroriste qui participe à un complot : tuer le secrétaire adjoint de la sécurité nationale. Lisa est la clef de son succès et si elle ne participe pas au complot, il menace de tuer Joe, le père de Lisa.
C'est l'histoire imaginaire de Billy Covington, pilote civil aux USA qui, privé de sa licence de vol américaine par la Federal Aviation Administration à la suite d'une faute professionnelle, est recruté par Air America, compagnie aérienne privée, émanation officieuse de la CIA et qui opère en Asie du Sud-Est pendant la Guerre du Viêt Nam. Billy débarque au milieu d'une bande de pilotes plus ou moins allumés qui effectuent des ravitaillements clandestins au Laos dans des conditions souvent périlleuses et va se retrouver impliqué malgré lui dans un trafic d'héroïne, mis sur pied par des responsables militaires américains avec la complicité des autorités locales. Il va heureusement pouvoir compter sur l'aide de Gene Ryack avec qui il va se lier d'amitié.
À New York le jeune Oskar Schell rentre chez lui, selon la consigne de son école. Tandis qu'il écoute les messages sur le répondeur téléphonique, il regarde la télévision qui retransmet en direct les attentats du 11 septembre 2001 où son père disparaît dans l'effondrement des tours du World Trade Center. Après s'être renfermé sur lui-même, il retrouve la dernière consigne que celui-ci lui avait laissée : « n'abandonne pas ». L'enfant se lance alors dans la résolution d'une énigme, comme son père Thomas Schell lui avait appris à le faire : que peut bien ouvrir la clé qu'il vient de trouver dans un vase que son père avait caché ? Qui est l'homme d'origine afro-américain dont le nom apparaît sur l'enveloppe contenant la clé ? Persuadé qu'il trouvera un dernier message du disparu, Oskar rencontre des membres de la communauté afro-américaine de New York, aidé par un vieux locataire de sa grand-mère, qui ne parle pas et ne communique que par des petits mots écrits sur un calepin.
Dans un futur proche aux États-Unis, l'Omni Cartel des Produits (OCP), un important conglomérat militaro-industriel et commercial a la mainmise sur divers marchés lucratifs comme, entre autres, l'armement, la conception et la fabrication de robots et de prothèses médicales, mais aussi plus marginalement la gestion du département de la police de Détroit.